Впервые турнир «Локомотив — Школьная лига» был проведен в 2006 году в Ростовской области благодаря помощи генерального спонсора компании «Российские железные дороги», которые компенсировали всем участникам соревнований все расходы, связанные с питанием, проживанием и переездами. Кроме того всех ребят обеспечили спортивной формой, а победителей — кубками, медалями и ценными призами. Соревнования охватили 56 городов и районов донского края. С октября 2006 года по апрель 2007 года в турнире приняли участие около 24 тысяч школьников более чем из 600 образовательных школ.

Второй турнир «Локомотив — Школьная лига» проходил с ноября 2007 года по май 2008 года уже на территории 10 субъектов Южного Федерального округа в зоне деятельности Северо-Кавказской железной дороги. Он охватил Ростовскую область, Краснодарский и Ставропольский края, Кабардино-Балкарию, Карачаево-Черкесию, Северную Осетию — Аланию, Чеченскую Республику, Ингушетию, Адыгею, Дагестан.

В конце 2008 года, несмотря на все трудности, связанные с финансовым кризисом, компания «Российские железные дороги» приняла решение, что детские проекты будут и в дальнейшем «жить» и развиваться. Изначально планировалось ограничить турнир пределами Северо-Кавказской железной дороги, но в адрес клуба поступило такое количество писем и звонков из федераций баскетбола Астраханской области и Абхазии, что было принято решение о расширении Лиги.

В связи с добавлением в число участников Астраханской области и Абхазии (всего 12 регионов) на баскетбольные площадки вышли уже более 117 тысяч детей. Финальные игры турнира состоялись с 8 по 12 апреля 2009 года. Тогда же впервые была организована прямая трансляция суперфинального матча «Школьной лиги» на федеральном телеканале «Спорт».

В сезоне 2009—2010 число участников «Школьной лиги» вновь увеличилось. Теперь турнир будет проходить сразу в 14 регионах. С этого года в число участников добавились Калмыкия и Волгоградская область, а это значит, что на баскетбольные площадки выйдут и станут участниками большого спортивного праздника уже более 130 тысяч подростков.

Победители турнира «Локомотив-Школьная лига» получают суперпризы. В 2008 году команда из Черкесска побывала с трехдневной экскурсией на Кипре, где посетила гостевой матч «Локомотива» в рамках Кубка Вызова. Осенью 2009 года команда из Славянска-на-Кубани отправилась в Польшу на чемпионат Европы по баскетболу, где посетила тренировку сборной России, а также три матча группового турнира.